Kurum gerekli gördüğü takdirde burs alan öğrencilerin belge veya durumlarını araştırabilir. Araştırma sonucunda öğrencinin belgelerinde veya durumunda gerçeğe aykırı bir hususun tespit edilmesi halinde bursu kesilir. Ödenen bursların tamamı öğrenim kredisi borcuna dönüştürülerek, 18/01/1997 tarihli ve 22881 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Yüksek Öğrenim Kredi ve Yurtlar Kurumu Öğrenim Kredisi Yönetmeliğinde belirlenen esaslara göre tahsil edilir.
Öğrenim görmekte olduğu öğretim kurumundan en az bir yarıyıl uzaklaştırma cezası alanların bursları, ceza aldığı tarih itibariyle kesilir. Verilen disiplin cezasının öğretim kurumunca geç bildirilmesi halinde ise cezanın verildiği tarihten sonra yapılan . Bu tarihten sonra ödenen burs miktarları öğrenim kredisi borcuna dönüştürülerek, Yüksek Öğrenim Kredi ve Yurtlar Kurumu Öğrenim Kredisi Yönetmeliği hükümlerine göre tahsil edilir.
Öğrenciye burs verilmekte iken, bursun kesilmesini gerektirecek bir durum ortaya çıktığında, bursun kesilmesini gerektiren durumun gerçekleştiği tarih itibariyle bursu kesilir. Bu tarihten sonra ödenen burs miktarları öğrenim kredisi borcuna dönüştürülerek, Yüksek Öğrenim Kredi ve Yurtlar Kurumu Öğrenim Kredisi Yönetmeliği hükümlerine göre tahsil edilir.
Borçlar önce kurumun resmi internet sitesi içerisinde bulunan bağlantı üzerinden ödenmektedir. Ödenmeyen borçlar bir süre sonra vergi dairesine aktarılır. Vergi dairesinin internet sitesinin olması vatandaşların işini kolaylaştırmaktadır. Öğrenim ve katkı kredisi borçlusu olup, borç taksitlerini zamanında ödemeyenlerin birinci defada, borçlarının bir yıllığı, tekrarında ise tamamı ivedilik kazanmaktadır. İvedilik kazanan borçlar bu tarihten başlayarak 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanun Hükümlerine göre vergi daireleri yada mal sandıklarınca tahsil olunarak, Kurum hesabına aktarılır.