Japonya'da bulunan tarihi eserlerin ninjalara ait silahlar olduğu düşünülüyor. 1960 ve 2010 yılları arasında Japonya'nın birçok farklı alanında ortaya çıkan eserler 1590 yılında gerçekleşen Odawara Kuşatmasına kadar uzanıyor.
Arkeologlar eserleri Iwatsuki ve Hachioji Kalesi de dâhil olmak üzere, 1960 ve 2010 yılları arasında Japonya'nın birçok farklı alanında ortaya çıkardı. Eserler, 1590 yılında gerçekleşen Odawara Kuşatmasına kadar uzanıyor. Bu kuşatmada Toyotomi ve Tokugawa klanları, Japonya'nın büyük bir kısmını kontrol eden Hojo klanını yenerek her iki kaleyi de ele geçirmişti.
Kuşatma, Japonya'nın iktidar için savaşan birkaç savaş ağası arasında bölündüğü Sengoku döneminde (1467-1615) gerçekleşti. Tarihsel anlatılarda ninjaların bu dönemde casusluk ve kundakçılık yaptığından bahsediliyor, dolayısıyla kuşatmada da yer almaları muhtemel.
Eserler arasında shuriken silahının (ninja yıldızının) atası olduğu düşünülen yassı fırlatma taşları; askerlerin ve atların ayaklarına batan dikenli makibishi silahının atası olduğu düşünülen kil dikenler yer alıyor. Saitama Valiliği Tarih ve Halkbilimi Müzesi'nde arkeolog ve küratör olan Iwata Akihiro verdiği demeçte, "Bu eserler muhtemelen ninja olarak görevlendirilen bir time aitti." diyor.
Bu silahların kuşatmadan önce muhtemelen aceleyle yapıldığını ancak buna rağmen büyük ihtimalle savaşta etkili olduğu belirtiliyor. Ayrıca yassı fırlatma taşlarının saldırıya geçen düşmanı durdurmak, düşman donup kalınca askerin kaçmasını sağlamak için kullanıldığını söyledi. Kil dikenler de büyük ihtimalle kaleyi işgal eden düşmanın hareketini durdurabilmek için kullanılmıştı.
Silahlarla donanmış olmalarına rağmen Hojo klanının ninjaları kaleleri kurtaramadı, çok daha büyük ordulara sahip Toyotomi ve Tokugawa klanlarına yenik düştü. Tokugawa klanı 1615 yılında tüm Japonya'yı kendi egemenliği altında birleştirdi ve yüzyıllarca iktidarı elinde tutacak bir mutlak idareyi oluşturdu.