Bucaspor altyapısına 2013 yılında Turhal Gençlerbirliği'nden gelen Kerem, Nisan 2017'de bu bu kulüpte profesyonel oldu. Buca'da ilk sezonunda 2, 2017-2018 sezonunun devre arasın kadara 2'nci Lig ve Türkiye Kupası'nda 15 maça çıkan futbolcu Ocak 2018'de henüz 18 yaşındayken 800 bin TL bonservisle Göztepe'ye geldi.
Göztepe'de geçirdiği 2.5 sezonda forma şansı bulamayan genç orta saha 2017-2018 sezonunda Süper Lig'de bir maçta 9 dakika, 2019-2020 sezonunda ise 3 maçta toplam 26 dakika süre alabildi. 2020 yılının yazında bedelsiz olarak Göz-Göz'den ayrılıp Sivasspor'a transfer olan Kerem Atakan'ın yıldızı bu kulüpte parladı. Sivasspor'da geçen sezon 14'ü ilk 11'de olmak üzere 22 Süper Lig maçında forma giyen, bu sezon da ligdeki ilk 2 haftada 11'de yer alan 21 yaşındaki futbolcu, kulübüne 1.4 milyon Euro bonservis kazandırarak Beşiktaş'a transfer oldu. Kerem, genç milli takımlarda şimdiye kadar 44 kez forma giymişti.