Son rektörlük seçimlerinde akademisyenlerden en fazla oyu almasına rağmen Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından tercih edilmeyen Eski Başbakan Yardımcılarından Ekrem Pakdemirli’nin oğlu olan Prof. Dr. Mehmet Pakdemirli’ninyeniden rektör seçilememesindeki sebebin Pensilvanya’ya yaptığı ziyaret gösterilmiş, Pakdemirli ise sadece akademik ziyaret için Pensilvanya’ya gittiğini Fetullah Gülen’le görüşmediğini iddia etmişti. FETÖ'ye yönelik yürütülen soruşturma kapsamında kurumla ilişiği kesilen Prof. Dr Pakdemirli’nin dışında, aynı üniversitede görev yaparken daha önce görevden uzaklaştırılan 19 öğretim üyesinin de gözaltına alındı.
Darbeyi bekledi
Üniversitenin eksik rektöre Mehmet Pakdemirli’nin 15 Temmuz darbe girişiminin yapılacağı saatleri CBÜ Muradiye Yerleşkesindeki odasında yönetmek üzere hazır beklediği bu nedenle yerleşkeden ayrılmadığı belirtildi.
Tehdit etti okuldan attı
Dönemin Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç'ın Celal Bayar Üniversitesi'ni 2010 yılı Aralık ayında ziyaretini protesto eden ve rektör Prof. Dr. Mehmet Pakdemirli'ye "Biz görevi Atatürk'ten devraldık" diyen Fen Edebiyat Fakültesi 3. sınıf öğrencisi Erdem Özdemir, üniversiteden 6 Mart 2012'de atılmıştı.
Twitter mesajları tepki topladı
Mehmet Pakdemirli’nin darbe girişiminden sonra 22 Temmuz’da twitter hesabından yaptığı paylaşımlar dikkat çekici. Pakdemirli’nin bu mesajlarının FETÖ üyeleri arasında şifreli mesajlaşma olduğunu öne sürüldü. O mesajda şöyle yazdığı görüldü: "Vekilim şanı yüce olan Allah’tır. O ne güzel vekildir. Dost istersen Allah yeter. O dost ise herkes düşmanın olsa önemi yok. Ülkem için kim engellerse engellesin, şartlar ne kadar ağır olursa olsun. Şubat soğuklarında beni ısıtan Rabbim ister ve dilerse temmuz sıcaklarında da ferahlatır. Ondan başka güç ve kudret tanımıyorum, çalışmaya azimliyim. Bugün yurtdışı dergiye makale gönderdim. İnsanlara merhamet etmeyen kimseye de Allah merhamet etmez (Müslim, Fezail, 66) Sabret! Çünkü, Allah iyilik edenlerin mükâfatını zayi etmez. HêD-115)