Türkiye'de 1924 yılında kurulan benzer 4 tohum ıslah istasyonundan biri olan Enstitü, iki kurumun birleştirilmesiyle bugünlere kadar geldi. "Tohum Islah İstasyonu" adıyla kurulan yapı, 1937'de "Pamuk İstasyonu ve Üretme Çiftliği", 1953'te "Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü" ve 1965'ten itibaren "Bölge Pamuk Araştırma Enstitüsü" adı altında faaliyetini sürdürdü. 1961 yılında "Çayır-Mera ve Yem Nebatları Tohum Üretme Merkezi Müdürlüğü" adıyla kurulan, sonradan ismi "Zirai Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" olarak değiştirilen yapı, 1987 yılında Enstitü bünyesine dahil edildi.
94 TOHUM ÇEŞİDİ
Kuruluş, 2011 yılında ise yeni yapılanmayla "Doğu Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" adını aldı. Enstitü, 100 yıla yaklaşan ıslah çalışmalarında bugüne kadar değişen ihtiyaçlar doğrultusunda kullanımdan düşenler de dahil olmak üzere 81'i hâlâ kullanılan ekmeklik ve makarnalık buğday, pamuk, soya, ayçiçeği, yer fıstığı, nohut, bezelye, fiğ, arı otu, yonca, yer bademi, mısır ve arpa bitkilerinden 94 tohum çeşidi geliştirerek Türk tarımını ve çiftçisini destekledi.