Doğu Roma İmparatorluğunun (Bizans) 887 yıl önce sosyal yardım sağlamak adına inşa ettirdiği Pantokrator Manastır Kilisesi, 1453'te İstanbul'un fethinden sonra Molla Zeyrek Camii ismini alarak camiye dönüştürüldü.
Bizans İmparatorluğu tarafından vakıf olarak 1124 yılında yapımına başlanan Pantokrator Manastırı Kilisesi, 1136 tarihinde tamamlandı. Dönemin önemli vakıflarından olan kilise 3 bölümden meydana geldi.
Kilisenin bölümlerinden güney taraf evrenin hakimi Pantokrator İsa'ya, kuzey bölümü Şefkatli Meryem'e ve ortadaki yer ise mezar şapeli olarak Baş Melek Mikail'e adandı. Latin istilasında yağmalanan yapının içindeki birçok eser Venedik'e götürüldü. İstanbul'un 1453 yılında fethedilmesiyle birlikte Pantokrator Kilisesi, ilk namaz kılınan yer olarak tarihe geçti. Cami adını dönemin büyük alimlerinden medreseye müderris olarak atanan Molla Zeyrek Mehmed Efendi'den aldı. Zamanın iyi davranmadığı tarihi yapı 2009 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restorasyona alındı. Uzun soluklu restorasyonun ardından 2019'da tekrar ibadete açıldı.
Restorasyon sırasında ise Baş Melek Mikail'e adanan mezar şapeli keşfedildi. Özgün bir şekilde günümüze ulaşan yapıda kilisenin zemininde Bizans dönemine ait ünlü mozaikler bulunuyor. 1986 yılında UNESCO Dünya Mirası Listesi'ne dahil olan Molla Zeyrek Camii havadan görüntülendi."Baş Melek Mikail'e adanmış olan mezar şapeli bulunuyor"Molla Zeyrek Camii hakkında bilgi veren Arkeolog Murat Sav, "Her 3 yapının da ana kubbesi bulunuyor.
Sadece orta bölümdeki Mikail Şapeli olarak adlandırılan mekanda arka arkaya iki tane kubbe söz konusudur. Şu an içinde bulunduğumuz güney tarafındaki yapı Hz. İsa'ya adanan yapıdır. En kuzey taraftaki yapı ise Şefkatli Meryem'e adanan yapıdır. Bu ikisinin ortasında ise Baş Melek Mikail' e adanmış olan mezar şapeli bulunuyor. İşin güzel tarafı, hem bu yapının içinde hem de şapele doğru devam eder vaziyette zeminde son derece güzel ve o dönemden kalma opesektila adı verilen mozaik döşemeler yer alıyor.
Bu mozaik döşemeler camlarla kaplanarak meraklıları için gerektiğinde görülebilir şekilde bırakıldı. 1453 yılında İstanbul'un fethiyle beraber Fatih Sultan Mehmed'in kendi vakfiyesine bağlı olarak eski adı Pantokrator Manastırı Kilisesi, Molla Zeyrek Camii olarak külliyeye dönüştürülüyor. Sadece cami olarak kullanılmıyor. Daha henüz İstanbul'da Osmanlı geleneği doğrultusunda bir külliyeleşme ve kompleks oluşturma dönemi başlamamıştı. Onun için uzun yıllara ihtiyaç vardır.
Öncelikle burada 3 yapı camiye dönüştürülüyor. Buranın diğer birimleri ise Osmanlı'nın İstanbul'daki ilk eğitim kurumu olarak medreseye dönüştürülüyor. Fetih yıllarında burada ders veren Zeyrek Molla Mehmed Efendi'nin adından dolayı da Molla Zeyrek Camii olarak adlandırılır. Aynı zamanda burada Akşemseddin de dersler vermiştir.
Fakat Akşemseddin'in verdiği dersler daha ziyade anlatıldığı kadarıyla bir tekkeleşme altyapısı oluşturuluyor" dedi."Son derece özel bir yapı ve özgün bir şeklide günümüze ulaştı"Molla Zeyrek Camii'nin günümüze özgün şekilde ulaştığını anlatan Murat Sav, "Fetihten sonra ise Fatih Sultan Mehmed'in kendi vakfiyesine bağlı olarak sayılan İstanbul'da sur içinde 4 tane kilise camiye dönüştürülmüştür. Onlardan bir tanesidir burası. Silivri ve Galata'da dönüştürülen kiliseler ayrı bir şehir olarak tanımlandığı içindir. Kuzey tarafta Meryem Kilisesi olarak bildiğimiz yapının altında günümüzden yaklaşık 10 yıl önce bir altyapı keşfedildi.
Bu altyapı aynı üst yapının özellikleri dahilinde izdüşümü şeklinde yapılmış. Sadece aradaki bu 3 nefleri ayıran kemerlerin oturmuş olduğu sütunların araları duvarla örülerek kapatılmış. Büyük bir ihtimalle yaşanılan statik talihsizlik sonucunda böyle yapıldı. İlk camiye dönüşüm sırasında yapıya o dönem bir minare eklendi. Genellikle bu arada minarelerde şerefelerine kadar özgün olarak kalırdı. Çünkü üst taraflar biraz daha kırılgan olduğu için çabuk etkileniyordu.
Hünkar Mahfili, Sultanların namaz kılması için yine aynı dönem 18. Yüzyılda eklenmiştir. Son derece özel bir yapı ve özgün bir şeklide günümüze ulaştı. Molla Zeyrek Camii de İstanbul'daki diğer tüm camilerin olduğu gibi Vakıflar Genel Müdürlüğünün mülkiyetindedir. Yönetimi de Fatih Sultan Mehmed'in vakfiyesi doğrultusunda yapılmaktadır. Bu çevrede bu tür yapıların korunması ve mevcudiyetlerinin devamı için gerekli intizamı göstermektedirler. Bu tür yapıların özel bir öneme ihtiyacı var" şeklinde konuştu.