İBB'nin Marmaray'ın aktarma sistemiyle ilgili yaptığı algı çok geçmeden açıklık kazandı. Ücret tarifelerinde birbirine uyumsuzluk İBB tarafından giderilmediği için Marmaray'da aktarma sisteminin mahkeme tarafından çıkarıldığı belirtildi.
Sabah'ta yer alan habere göre, Marmaray'ın aktarma sistemi dahilinde bulunması, mahkeme tarafından usule aykırı bulduğu gerekçesiyle iptal edildi. TCDD tarafından açılan dava sonucunda Temmuz 2020'de UKOME kararında yer alan elektronik bilet ücret düzenlemelerinin Marmaray ile ilgili hükümler içeren kısımlarının yürütmesinin durdurulmasına karar verildi. İBB, hemen Bölge İdare Mahkemesi'ne itirazda bulundu ve koşulları oluşmayan yürütmenin durdurulması talebinin reddine karar verildi.
6 Kasım tarihinde ise, İstanbul 10. İdare Mahkemesi TCDD'nin açmış olduğu davaya istinaden, "TCDD'ye ağır külfet getireceği ve bu düzenlemenin hangi sebeple yapıldığı somut tespitlere yer verilmediği" gerekçesiyle, yeniden yürütmenin durdurulmasına karar verdi. İBB, bu kararı da Bölge İdare Mahkemesi'ne taşırken Marmaray'ın aktarma sistemi dâhilinden mahkeme kararı çıkarmasının altından İBB yönetiminin algı yaptığı ortaya çıktı.
TCDD tarafından UKOME gündemine alınması amacıyla yazılan dilekçede metrobüsten inip Marmaray'a binildiğinde aktarma alınırken, Marmaray'dan metrobüse geçişte İBB yönetiminin aktarma yapılmasına izin vermediği ortaya çıktı. Ücret tarifelerinde birbirine uyumsuzluk İBB tarafından giderilmediği için Marmaray da aktarma sisteminden mahkeme tarafından çıkarıldı.