Kurumun bu çirkin açıklamasına sayısız tepki geldi. Dünya Müslüman Alimler Birliği Genel Sekreteri Ali Karadaği, açıklamanın kurum için utanç lekesi olduğunu belirtti. Kurum hemen geri adım atarak “Fethin Hz. Muhammed tarafından önceden müjdelendiğini ve Osmanlı’nın büyük sufi sultanı Fatih Mehmet tarafından gerçekleştirildiğini” belirtti.
İstanbul’un fethinin yıldönümü kutlamaları kapsamında Ayasofya’da Fetih Suresi okunmuştu.