Uzun süredir Shakhtar'dan ayrılacağı konuşulan ve Liverpool ile Borussia Dortmund'un peşinde olduğu söylenen Mkhitaryan'ın yeni takımı sonunda belli oldu. Geçen sezon Bundesliga'yı 2'nci sırada bitiren Borussia Dortmund, Ermeni oyuncunun transferini 25 milyon avro karşılığında bitirdi.
Alman ekibinden yapılan açıklamada, "Borussia Dortmund ve Shaktar Donetsk, 21 Ocak 1989 doğumlu Ermeni oyuncu Henrikh Mkhitaryan'ın transferi konusunda anlaşmıştır. Kulübümüz, oyuncuyla ise 2017 senesine kadar mutabakata varmıştır." sözlerine yer verilerek Mkhitaryan'ın sözleşmesinin 4 sezonluk olduğu dile duyurdu.
Mkhitaryan, Shakhtar formasıyla çıktığı 106 maçta 44 gol kaydetti.