İlk lig müsabakasına 18 Ocak 1998'de Altay'ın Bursaspor'a karşı yaptığı karşılaşmada çıkan Ateş, Altay'daki ilk sezonunda genç yaşına rağmen 8 müsabakada görev alıp iki de gol kaydetti.
Süper Lig'in 2002-2003, 2003-2004 sezonlarında Adanaspor'da forma giyen Milli golcü, bu sezonlarda toplam 23 gol attı.
- "100'ler Kulübü"
Ateş, 2003-2004 sezonun devre arasında Galatasaray'a transfer oldu. Golcü futbolcu, sarı-kırmızılı takım adına 9 gol attı. Tecrübeli golcü, 2004-2005, 2005-2006 ve 2006-2007 sezonlarında da toplam 39 kez fileleri havalandırdı. Daha sonra 2007-2008 sezonunun yarısını Ankaraspor ve yarısını da İstanbul Büyükşehir Belediyespor'da geçiren Ateş, o sezon toplam 11 gol attı.
İspanya'nın Real Sociedad takımına 2008-2009 sezonunda kiralanan Milli futbolcu, 2009-2010 sezonundan Medical Park Antalyaspor ile anlaştı. Kırmızı-beyazlı takımda 3 sezon geçiren Ateş, bu forma altında 30 gol kaydetti. 18 Ağustos 2010'da, takımının Süper Lig'de yaptığı Ankaragücü maçında iki gol atan futbolcu, Süper Lig'deki gol sayısını 100'e çıkartarak "100'ler Kulübü"ne girmeyi başardı.
-Eskişehirspor
2011-12 sezonunun ara transfer döneminin son gününde Galatasaray ile anlaşan Ateş, sarı-kırmızılı forma altında yarım sezonda 6 gol attı ancak Umut Bulut ve Burak Yılmaz'ın katılmasıyla kadroda şans bulamayınca 2012-2013 sezonunda Eskişehirspor'a transfer oldu.
Eskişehirspor'daki ilk senesinde çıktığı 27 lig maçında 12 gol atan Necati, 7 de asist yaptı. Milli futbolcu, o sezon en son golünü 26. haftadaki Sanica Boru Elazığspor maçında attı. Daha sonraki 8 haftada golle buluşamayan tecrübeli golcü, bu sezonun ilk 6 haftasında da rakip fileleri havalandıramadı.AA